1、盈利目的不同。

企業(yè)單位：是指以盈利為目的生產性單位，國企就是屬國家所有的企業(yè)單位。國有企業(yè)，是指國家對其資本擁有所有權或者控制權，政府的意志和利益決定了國有企業(yè)的行為。國有企業(yè)是國民經濟發(fā)展的中堅力量，是中國特色社會主義的支柱。

事業(yè)單位：是指不以盈利為目的，由國家行政機關舉辦，受國家行政機關領導，沒有生產收入、所需經費由公共財政支出、不實行經濟核算、主要提供教育、科技、文化、衛(wèi)生等活動非物質生產和勞務服務的社會公共組織，事業(yè)單位接受政府領導，是表現(xiàn)形式為組織或機構的法人實體。

2、績效工資來源不同：

企業(yè)績效工資完全取決于企業(yè)盈利情況，根據企業(yè)的薪酬戰(zhàn)略及績效考核結果進行發(fā)放。

事業(yè)單位根據單位不同類別，其績效工資的經費來源和保障有所不同，義務教育中小學績效工資經費來源主要由縣級財政保障，省級財政統(tǒng)籌，中央財政對中西部及東部部分財力薄弱地區(qū)給予適當補助。